<div dir="ltr"><div><br></div><div>Dear all,</div><div><br></div><div>I think I have retrieved the latest figure. The determined mass was 13,760 Da.</div><div><br></div><div>The figure is attached, and its legend reads:<br></div><div><br></div><div>


















<p class="MsoNormal" style="text-align:justify;line-height:200%;margin:0in;font-size:12pt;font-family:"Liberation Serif",serif"><span class="gmail-Fuentedeprrafopredeter1"><b><span style="font-family:"Cambria",serif">Figure 1: Mass spectrometry</span></b></span><span class="gmail-Fuentedeprrafopredeter1"><span style="font-family:"Cambria",serif">. The molecular mass of </span></span><span class="gmail-Fontepargpadro"><span style="font-family:"Cambria",serif">myotoxin II (50 pmol) was determined by ESI-MS
on Waters Synapt G1 mass spetrometer. Acquired data were submitted to analysis
with the MassLynx software, including background subtraction, choice of m/z
range for further processing <b>(panel A)</b>, and deconvolution using MaxEnt 1
algorithm to generate the final mass values <b>(panel B)</b>.</span></span><span class="gmail-Fuentedeprrafopredeter1"><b><span style="font-family:"Cambria",serif"><span></span></span></b></span></p>





</div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br></div><div>All the best,</div><div><br></div><div>Richard.</div><div><br></div><div><br></div><div>Richard Hemmi Valente, Dr.</div><div>Pesquisador Titular</div><div>Laboratório de Toxinologia - IOC</div><div>Fundação Oswaldo Cruz</div><div>Av Brasil 4365 - 21040-900 - Rio de Janeiro - RJ - Brasil</div><div>Skype name: rhv4u2</div><div>Tel. Fixo: +55 21 25621345</div><div>Tel. Móvel: +55 21 999855080</div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Sep 7, 2022 at 9:43 AM Ana Gisele da Costa Neves Ferreira <<a href="mailto:anagextra@gmail.com">anagextra@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Hi Borries,<div dir="auto">I didn't bring my computer to the beach, true vacation time. But we do have a MS spectrum for myotoxin-II. It was included in the first version of the manuscript, I think I have sent you a long time ago.</div><div dir="auto">Anyway, I'll ask my colleague Richard to send you again.</div><div dir="auto">Best regards,</div><div dir="auto">Ana   </div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em ter, 6 de set de 2022 12:55, Borries Demeler <<a href="mailto:demeler@gmail.com" target="_blank">demeler@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thank you, Bruno, this definitely helps! BTW, I was talking about Lys-49 (actually, Lys-48), not His-49, I can't find a his residue close to there. I was looking over the micro-heterogeneity paper, based on that, and the type of MT-II you have been sending us, what would be the best molar mass value to use for my calculations? We can cite this manuscript, of course.</div><div>Some weight average? Can you send me a number? Thanks!<br></div><div dir="ltr"><br></div><div>Best wishes, -Borries<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Sep 5, 2022 at 11:19 PM Bruno Lomonte <<a href="mailto:bruno.lomonte@ucr.ac.cr" rel="noreferrer" target="_blank">bruno.lomonte@ucr.ac.cr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Borries, hi all,<br>
<br>
your sequence is OK (it corresponds to P24605 in Uniprot), the reason <br>
you find His to be 48 (instead of 49) is because it is an arbitrary <br>
convention to use a numbering system that was proposed long time ago <br>
(1985) and which became kind of a jargon<br>
<br>
in order to have the "nomenclature" for the arbitrary numbering, I <br>
believe in the crystal structure 1CLP the coordinates received the <br>
consensus numbering I refer to as "jargon" (I am attaching here the 1CLP <br>
file, although I am not sure if the numbering is displayed differently <br>
in different softwares for structure visualization)<br>
<br>
in the paper reporting the deposited P24605 there was an ambiguity at <br>
position 124 during the original sequencing, it was either Leu or Phe by <br>
Edman degradation, and it was arbitrarily decided to deposit the <br>
sequence as Leu<br>
<br>
however when we obtained a good mass spectrometer to chech the intact <br>
mass (30 years later!), we finally observed that the protein we are <br>
using in recent years actually has a Phe instead of the Leu (please see <br>
attached microheterogeneity article)<br>
<br>
so you will see everything fits well - hope that this has helped to <br>
clarify your doubt (actually I should have told you this beforehand)<br>
<br>
best regards to all,<br>
<br>
Bruno<br>
<br>
++++++++++++++++++++<br>
<br>
<br>
On 9/5/2022 2:44 PM, Borries Demeler wrote:<br>
> Hi everyone,<br>
> I'm currently writing up the AUC results, but come across an inconsistency I m hoping someone can clear up for me.<br>
> In the literature, I see myotoxin-II from Bothrops asper referred to as the class-2 myotoxin Lys-49 phospholipases.<br>
> When I look at the protein sequence (which I believe I obtained from Bruno), I see Lys (K) at position 48, not 49:<br>
><br>
> 0001 slfelgkmil qetgknpaks ygaygcncgv lgrgkpkdat drccyvhkcc ykkltgcnpk<br>
> 0061 kdrysyswkd ktivcgenns clkelcecdk avaiclrenl ntynkkyryy lkplckkada<br>
> 0121 c<br>
><br>
> Am I missing a residue? I found the exact same sequence in the protein database.<br>
><br>
> Since we determined very precise sed. and diff. coefficients, I could use the precisely known molar mass from sequence<br>
> to calculate an accurate partial specific volume and anisotropy. Before I use this sequence, it would be good if someone<br>
> could confirm it. Ana, what do you get from mass spec? Do you have some mass spec data we can include in this manuscript?<br>
><br>
> Thanks, -Borries<br>
> _______________________________________________<br>
> Myotox mailing list<br>
> <a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" rel="noreferrer" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
> <a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
<br>
-- <br>
Bruno Lomonte, Ph.D.<br>
Instituto Clodomiro Picado<br>
Facultad de Microbiología<br>
Universidad de Costa Rica<br>
San José, COSTA RICA<br>
<br>
tel.of. (+506) 2511 7888<br>
<a href="mailto:bruno.lomonte@ucr.ac.cr" rel="noreferrer" target="_blank">bruno.lomonte@ucr.ac.cr</a><br>
_______________________________________________<br>
Myotox mailing list<br>
<a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" rel="noreferrer" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
<a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
</blockquote></div></div>
_______________________________________________<br>
Myotox mailing list<br>
<a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" rel="noreferrer" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
<a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
</blockquote></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Myotox mailing list<br>
<a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
<a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
</blockquote></div>