<div dir="auto">Thanks, Ana, Bruno already sent me the required data and reference, all good!<div dir="auto">Enjoy your vacation!</div><div dir="auto">-Borries </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Sep 7, 2022, 6:43 AM Ana Gisele da Costa Neves Ferreira <<a href="mailto:anagextra@gmail.com">anagextra@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Hi Borries,<div dir="auto">I didn't bring my computer to the beach, true vacation time. But we do have a MS spectrum for myotoxin-II. It was included in the first version of the manuscript, I think I have sent you a long time ago.</div><div dir="auto">Anyway, I'll ask my colleague Richard to send you again.</div><div dir="auto">Best regards,</div><div dir="auto">Ana   </div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em ter, 6 de set de 2022 12:55, Borries Demeler <<a href="mailto:demeler@gmail.com" target="_blank" rel="noreferrer">demeler@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Thank you, Bruno, this definitely helps! BTW, I was talking about Lys-49 (actually, Lys-48), not His-49, I can't find a his residue close to there. I was looking over the micro-heterogeneity paper, based on that, and the type of MT-II you have been sending us, what would be the best molar mass value to use for my calculations? We can cite this manuscript, of course.</div><div>Some weight average? Can you send me a number? Thanks!<br></div><div dir="ltr"><br></div><div>Best wishes, -Borries<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Sep 5, 2022 at 11:19 PM Bruno Lomonte <<a href="mailto:bruno.lomonte@ucr.ac.cr" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">bruno.lomonte@ucr.ac.cr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi Borries, hi all,<br>
<br>
your sequence is OK (it corresponds to P24605 in Uniprot), the reason <br>
you find His to be 48 (instead of 49) is because it is an arbitrary <br>
convention to use a numbering system that was proposed long time ago <br>
(1985) and which became kind of a jargon<br>
<br>
in order to have the "nomenclature" for the arbitrary numbering, I <br>
believe in the crystal structure 1CLP the coordinates received the <br>
consensus numbering I refer to as "jargon" (I am attaching here the 1CLP <br>
file, although I am not sure if the numbering is displayed differently <br>
in different softwares for structure visualization)<br>
<br>
in the paper reporting the deposited P24605 there was an ambiguity at <br>
position 124 during the original sequencing, it was either Leu or Phe by <br>
Edman degradation, and it was arbitrarily decided to deposit the <br>
sequence as Leu<br>
<br>
however when we obtained a good mass spectrometer to chech the intact <br>
mass (30 years later!), we finally observed that the protein we are <br>
using in recent years actually has a Phe instead of the Leu (please see <br>
attached microheterogeneity article)<br>
<br>
so you will see everything fits well - hope that this has helped to <br>
clarify your doubt (actually I should have told you this beforehand)<br>
<br>
best regards to all,<br>
<br>
Bruno<br>
<br>
++++++++++++++++++++<br>
<br>
<br>
On 9/5/2022 2:44 PM, Borries Demeler wrote:<br>
> Hi everyone,<br>
> I'm currently writing up the AUC results, but come across an inconsistency I m hoping someone can clear up for me.<br>
> In the literature, I see myotoxin-II from Bothrops asper referred to as the class-2 myotoxin Lys-49 phospholipases.<br>
> When I look at the protein sequence (which I believe I obtained from Bruno), I see Lys (K) at position 48, not 49:<br>
><br>
> 0001 slfelgkmil qetgknpaks ygaygcncgv lgrgkpkdat drccyvhkcc ykkltgcnpk<br>
> 0061 kdrysyswkd ktivcgenns clkelcecdk avaiclrenl ntynkkyryy lkplckkada<br>
> 0121 c<br>
><br>
> Am I missing a residue? I found the exact same sequence in the protein database.<br>
><br>
> Since we determined very precise sed. and diff. coefficients, I could use the precisely known molar mass from sequence<br>
> to calculate an accurate partial specific volume and anisotropy. Before I use this sequence, it would be good if someone<br>
> could confirm it. Ana, what do you get from mass spec? Do you have some mass spec data we can include in this manuscript?<br>
><br>
> Thanks, -Borries<br>
> _______________________________________________<br>
> Myotox mailing list<br>
> <a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
> <a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
<br>
-- <br>
Bruno Lomonte, Ph.D.<br>
Instituto Clodomiro Picado<br>
Facultad de Microbiología<br>
Universidad de Costa Rica<br>
San José, COSTA RICA<br>
<br>
tel.of. (+506) 2511 7888<br>
<a href="mailto:bruno.lomonte@ucr.ac.cr" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">bruno.lomonte@ucr.ac.cr</a><br>
_______________________________________________<br>
Myotox mailing list<br>
<a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
<a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
</blockquote></div></div>
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Myotox mailing list<br>
<a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
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