<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Borries,</div><div dir="ltr">Thank you for the detailed update and for the news regarding new collaborations/opportunities, it will be a pleasure to continue working with you in this challenging line of research. </div><div>Best regards,</div><div>Ana</div><div><br></div><div>PS.: 11 am in Lethbridge would correspond to 3 pm in Brazil (São Paulo time), we are 4 hours ahead of you. But the first time option on Doodle Monday is 16 h (São Paulo time), I got confused.</div><div dir="ltr">Anyway, I would only be available on Tuesday afternoon/night (whatever time it is).<br><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Em ter., 7 de dez. de 2021 às 13:28, Borries Demeler <<a href="mailto:demeler@gmail.com">demeler@gmail.com</a>> escreveu:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Bruno,<br>
thanks for getting back - since it is essential that Bruno is part of<br>
this discussion I will try once more with a new poll for next week:<br>
<br>
<a href="https://doodle.com/poll/ut3psa4k68tiu6ve?utm_source=poll&utm_medium=link" rel="noreferrer" target="_blank">https://doodle.com/poll/ut3psa4k68tiu6ve?utm_source=poll&utm_medium=link</a><br>
<br>
Please check your browsers, I believe the times listed are for Mountain<br>
time, for comparison, Mondays options are 11:00 am - 4:00 pm, 1 hour<br>
sections.<br>
<br>
Please all respond by the end of the day so we can release the other <br>
times for everyone. I will send out the consensus by tonight.<br>
<br>
Thanks, -Borries<br>
<br>
On Mon, Dec 06, 2021 at 10:27:49PM -0600, Bruno Lomonte wrote:<br>
> Dear Borries and All,<br>
> <br>
> Many thanks Borries for envisioning all these interesting avenues to study<br>
> and better understand the toxin. It will be exciting to explore the<br>
> possibility of pore formation or other mechanisms related to myotoxicity.<br>
> There has been a large knowledge gap regarding the interaction of this type<br>
> of toxin with membranes, so this is much needed work!<br>
> <br>
> I olny regret at this moment that the following days (proposed in the Doodle<br>
> poll) are fully booked in my case. Sorry! If there are other alternative<br>
> options for everyone to meet and discuss, please let us know.<br>
> <br>
> Here attached is an old study done on liposome permeabilization (including<br>
> liposomes made of non-hydrolyzable ether lipids - the toxin can disrupt<br>
> them, but nothing further has been done along this line of work, as far as I<br>
> know.<br>
> <br>
> Best regards,<br>
> <br>
> Bruno<br>
> <br>
> ++++++++++++++++++++++<br>
> <br>
> <br>
> On 12/6/2021 12:00 PM, Borries Demeler wrote:<br>
> > Hello everybody,<br>
> > <br>
> > it has been a while since we have reported back on our NMR findings,<br>
> > so it is about time to pick up this interesting project again and get<br>
> > everyone up-to-date on the latest status.<br>
> > <br>
> > If you recall, Amy found that by using significantly lower SDS<br>
> > concentrations than CMC that myotoxin-II formed a very stable and<br>
> > homogeneous oligomer with about 6 or 7 myotoxin-II molecules in it. When<br>
> > SDS concentration was increased, it was possible to disrupt this oligomer<br>
> > and generate increasing amounts of heterogeneous oligomeric forms, with<br>
> > the predominant form being dimer. This observation matched nicely with<br>
> > the SDS PAGE results reported earlier by Susumu Uchiyama's group.<br>
> > <br>
> > But of course, more interesting to all of us should be what the<br>
> > structure of the oligomeric species was, and if it potentially formed<br>
> > a membrane penetrating pore, or has some other functional relevance.<br>
> > <br>
> > If you recall, and in summary, Paul and his group has investigated the<br>
> > interaction of SDS with myotoxin-II, and after multiple iterations of<br>
> > different ratios of SDS to myotoxin-II, concluded the following:<br>
> > <br>
> >     "There seems to be an unusually strong interaction with SDS. The<br>
> >     alpha methylene exhibits high stress similar to that seen in an epoxy<br>
> >     ring. Ar first sight it appears to be an AB quartet. Simulations show<br>
> >     that the 2JHH of the methylene is very small indicating strain."<br>
> > <br>
> > Paul also mentioned that the NMR studies are hindered by the large<br>
> > background signals and really would require labeling to allow more<br>
> > sophisticated multi-dimensional analysis.<br>
> > <br>
> > I also pursued the potential to get more info with cryo-EM by sending<br>
> > the samples to the University of Manitoba for study by Pauline Padilla<br>
> > and Joerg Stetefeld, but this angle unfortunately did not go anywhere,<br>
> > since negative staining screens did not produce the desired results,<br>
> > suggesting cryoEM is out of the question.<br>
> > <br>
> > Separately, I contacted Bruce Bowler at the University of Montana, who<br>
> > studies protein-membrane interactions, and he offered an array of other<br>
> > lipids he had used for crystallizing cytochrome-C interacting with<br>
> > membranes and still has in the fridge. So we could try to use some of<br>
> > these lipids to replicate Amy's results with other lipid systems.<br>
> > <br>
> > Recently, I heard a very interesting talk by Sebastien Poget on the<br>
> > interactions of various animal toxins with lipids, so I shared our<br>
> > findings with him. He wrote the following:<br>
> > <br>
> >     "Thanks for your e-mails, it looks like you have a very interesting<br>
> >     toxin to study. Is there any precedent for a snake phospholipase<br>
> >     forming membrane channels? It would make sense physiologically,<br>
> >     as a quick way to disrupt the membrane and place the phospholipase<br>
> >     in the right environment to hydrolyze the lipids. One way that<br>
> >     you could quickly look into this would be to add the phospholipase<br>
> >     to artificial bilayers - one could maybe use ether-linked lipids<br>
> >     to prevent hydrolysis and see if any pores are formed just by the<br>
> >     presence of the toxin alone. We have a planar bilayer system in my lab,<br>
> >     and I would be happy to give this a try if it would be of interest to<br>
> >     you. As you mentioned, testing oligomerization in the presence of other<br>
> >     detergents may also be interesting, including maybe lysolipids. Maybe<br>
> >     we can set up a zoom call to discuss some of these questions in more<br>
> >     detail if you are interested?  Best, Sebastien"<br>
> > <br>
> > I am passing his questions on to this group to get your comments.<br>
> > Sebastien is now included on our email list, so please feel free to<br>
> > comment by simply replying to this message. I personally would be very<br>
> > curious to see if such a membrane pore theory could be tested with<br>
> > Sebastien's methods.<br>
> > <br>
> > I would like to follow Sebastien's suggestion and propose a zoom call to<br>
> > discuss next steps. Here is a Doodle poll for a zoom meeting, please<br>
> > respond by the end of tomorrow.<br>
> > <br>
> > <a href="https://doodle.com/poll/xbx5rhhf9g7mkxb3?utm_source=poll&utm_medium=link" rel="noreferrer" target="_blank">https://doodle.com/poll/xbx5rhhf9g7mkxb3?utm_source=poll&utm_medium=link</a><br>
> > <br>
> > If none of the proposed times work for most of us, we could try again<br>
> > next week with another doodle poll.<br>
> > <br>
> > Thanks! -Borries<br>
> > _______________________________________________<br>
> > Myotox mailing list<br>
> > <a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
> > <a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
> <br>
> -- <br>
> Bruno Lomonte, Ph.D.<br>
> Instituto Clodomiro Picado<br>
> Facultad de Microbiología<br>
> Universidad de Costa Rica<br>
> San José, COSTA RICA<br>
> <br>
> tel.of. (+506) 2511 7888<br>
> <a href="mailto:bruno.lomonte@ucr.ac.cr" target="_blank">bruno.lomonte@ucr.ac.cr</a><br>
<br>
<br>
> _______________________________________________<br>
> Myotox mailing list<br>
> <a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
> <a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Myotox mailing list<br>
<a href="mailto:Myotox@biophysics.uleth.ca" target="_blank">Myotox@biophysics.uleth.ca</a><br>
<a href="https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox" rel="noreferrer" target="_blank">https://demeler7.uleth.ca/mailman/listinfo/myotox</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:tahoma,sans-serif;font-size:x-small">Ana Gisele da C. Neves Ferreira</span><br></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394" size="1">Pesquisadora Titular em Saúde Pública</font></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394" size="1">Chefe do Laboratorio de Toxinologia</font></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394" size="1">Instituto Oswaldo Cruz - Fiocruz</font></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394" size="1">Pavilhao Ozorio de Almeida, sala 05</font></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394" size="1">Av. Brasil, 4365 - Manguinhos</font></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394" size="1">Rio de Janeiro - RJ </font></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394" size="1">21040-900 Brasil</font></div><div><font style="background-color:rgb(255,255,255)" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394" size="1">(+5521) 2562-1381 / 98801-5726</font></div><div style="color:rgb(136,136,136);font-size:12.8px"><font size="1" color="#666666" face="tahoma, sans-serif"><br><br><br></font></div></div></div></div></div></div></div></div>